Los españoles entraron en contacto con los indígenas que habitaban lo que se llamaría Chile en 1536, con la expedición venida desde el Perú, dirigida por Diego de Almagro, quien había tenido una participación destacada en la conquista del imperio inca. Pocos años después, en 1541,vino a Chile una segunda expedición, también desde Perú, dirigida por Pedro de Valdivia esta vez las cosa fueron distintas Valdivia quería asentarse en el territorio chileno y gobernarlo. Para ello, fundó varias ciudades: Santiago, que sería la capital, en febrero de1541, seguida de La Serena , en 1544, Concepción, en 1550, y Valdivia, en honor de sí mismo, en 1552, y Osorno en 1553, además de otras de menor importancia
La expedición de Valdivia provocó también la primera resistencia indígena. Aunque los españoles lograron sobrevivir a los ataques de los nativos en la región de Santiago, no ocurrió lo mismo en el sur, donde los mapuches presentaron una oposición mucho mayor.. En 1553, los indígenas de esta etnia derrotaron a los españoles en una batalla, capturaron a Valdivia.
Desde entonces, Chile quedó dividido en tres partes: desde el norte hasta el río Bío-Bío, en el centro-sur, dominaban los españoles; desde el Bío-Bío hasta lo que es hoy Puerto Montt, el territorio era controlado por los indígenas; más al sur, España retomaba el control, en la isla de Chiloé. Esta situación persistió durante toda la época colonial, y continuó durante varias décadas después de la independencia.
Como en el resto de América española, la Iglesia católica jugó un papel importante en la dirección de la sociedad, colaborando con el poder real, al cual estaba sometida por el derecho de patronato que el Papa había dado al rey de Castilla. Las órdenes religiosas crearon iglesias y escuelas, y los jesuítas tuvieron además actividades empresariales, con haciendas administradas en forma eficiente.
La sociedad fue estratificada por criterios étnicos, como en todas las demás colonias: blancos en el tope, seguidos por los mestizos, los indios (que eran personas libres, salvo los indios rebeldes, que podían ser vendidos como esclavos) y finalmente los negros esclavos. Los mestizos y blancos pobres trabajaban en forma libre, como asalariados
Se calcula que el poblamiento de Chile comenzó hace unos 12,000 años antes de nuestra era. Esa fecha es la del sitio arqueológico de Monte Verde, ubicado cerca de Valdivia, que fue descubierto recientemente (1978), y que es el más antiguo del país. Otros sitios famosos son los de San Pedro de Atacama, en el norte, y el de Tagua-Tagua, en el centro, de 10,000 y 9,000 años de antigüedad respectivamente.
Antes de la llegada de los españoles, se calcula que vivían en Chile alrededor de un millón de indígenas Esta población estaba compuesta por diversas etnias, que no habían alcanzado un gran desarrollo social. Las del norte, centro y sur se encontraban en un nivel calificado de tribus por los antropólogos: vivían en grupos de algunos centenares de personas, practicaban la agricultura y sabían trabajar la cerámica, pero carecían de unidad política y no conocieron la vida urbana ni las escrituras. Las del extremo sur se encontraban en un nivel aun menos evolucionado el de la banda, vivían en grupos muy pequeños, de 20 a 30 personas, se alimentaban exclusivamente de la caza, pesca y recolección, y llevaban una vida nómade
Aparecieron sociedades sedentarias a comienzos de nuestra era, en los valles transversales. La etnia que allí vivía en la época de la conquista europea eran los diaguitas, que también vivían en la Argentina de hoy. Sabían trabajar el cobre y el bronce. Las sepulturas indican un comienzo de diferenciación social y había un esbozo de pueblos como centros demográficos. También estuvieron en contacto con los incas.
